Мне нужно указывать в фискальном чеке за покупку стоимость доставки заказа в Магазине на Kaspi.kz?

Нет. В фискальном чеке за покупку вы указываете только стоимость товара.

Если покупатель оплатил вашу доставку по городу, выдайте ему отдельный кассовый чек только на эту сумму.