Мне нужно платить налоги с чаевых, которые оставляют работникам кафе после оплаты счета по QR-коду сервиса Kaspi Рестораны?

Нет. Чаевые не облагаются налогами.

Это добровольные частные переводы от одного человека другому, а не оплата услуг и предпринимательская деятельность. Такие доходы физлиц не подлежат налогообложению.

п.38, ст 341 Налоговый кодекс РК