На меня оформлены несколько квартир. Я могу оплатить долг по налогу на имущество только за одну из них в мобильном приложении Kaspi.kz?

Нет. В мобильном приложении Kaspi.kz отображается общий долг по определённому типу налога.

Если у вас две квартиры, то сумма налога будет на обе сразу. Чтобы оплатить начисления по одной из квартир, нужно обратиться в управление государственных доходов по месту нахождения имущества.