Самозанятый в Казахстане должен платить НДС?

Нет. Самозанятые оплачивают только 4% от дохода: 

Обязательные пенсионные взносы (ОПВ) — 1%

Обязательные пенсионные взносы работодателя (ОПВР) — 1%

Социальные отчисления (СО) — 1%, не более 1% от 7 минимальных заработных плат (МЗП);

Отчисления на медицинское страхование (ООСМС) — 1%