В «Отчете по продажам» будут отображаться счета, ожидающие удаленной оплаты в Kaspi POS?

Нет. В «Отчете по продажам» отображаются только оплаченные покупки.

Счета, ожидающие удаленную оплату, вы можете посмотреть в разделе История → На оплату.