Я оформил возврат покупки, которая была сделана до подключения Kaspi Кассы. Клиенту будет отправлен фискальный чек?

Нет. Фискальные чеки будут формироваться через Kaspi Кассу только при возврате тех покупок, которые были совершены после подключения сервиса.