Я принимаю оплату за несколько услуг через сервис «Платежи на Kaspi.kz». Можно формировать фискальные чеки через Kaspi Кассу только за одну из них?

Нет. Фискальные чеки будут автоматически формироваться после каждой принятой оплаты за любую вашу услугу, которую клиент оплатил через сервис «Платежи на Kaspi.kz».