Удерживается ли комиссия при возврате оплаты, принятой через сервис «Платежи на Kaspi.kz»?

Нет. После того, как вы оформите возврат в личном кабинете партнера сервиса «Платежи» на Kaspi.kz сумма возврата будет списана с текущего счета за вычетом комиссии.