Я могу сделать платеж, если на счет в Kaspi Pay наложен арест?

Да. Если на счете есть деньги сверх арестованной суммы, вы можете распоряжаться ими по своему усмотрению: делать платежи, снимать или переводить.

При аресте всей суммы на счете, в зависимости от условий ограничения допускаются платежи в бюджет.