Я могу принимать оплату за товары по Kaspi QR на накладной частично?

Да. Для этого продавцу-кассиру нужно отсканировать QR-код на накладной, в строке «Сумма» указать нужное значение и сделать платеж.

Чтобы внести остаток, он может в любое время повторно отсканировать Kaspi QR на этой накладной, отредактировать сумму и совершить оплату.